Исследование способов концентрирования продуктов ПЦР для последующего секвенирования с помощью методов, основанных на сорбции нуклеиновых кислот - Нестерова , Екатерина Юрьевна; Дворецкая, Юлия Дмитриевна; Грязнова, Мария Владимировна; Гладких, Мария Ивановна; Сыромятников, Михаил Юрьевич; Старкова, Наталья Николаевна; Попов, Василий Николаевич (Сорбционные и хроматографические процессы, 2020)
В последнее время широкое распространение получили методы, основанные на секвенирова-нии ДНК. Зачастую методы секвенирования требуют выделения нуклеиновых кислот из исследуемо-го материала, проведение ПЦР для амплификации маркерных участков ДНК и их последующее пре-образование в библиотеки ДНК для секвенирования. Иногда концентрация полученных продуктов ПЦР недостаточна для проведения секвенирования. Целью данной работы явился подбор оптималь-ного метода концентрирования продуктов ПЦР (ампликонов) с помощью методов, основанных на сорбции нуклеиновых кислот. Установлено, что наиболее оптимальным для концентрирования ам-пликона методом является применение колонок с силикой и использование магнитных частиц. Кон-центрация ампликона, полученного при амплификации бактериальной ДНК, возрастала в 3.14 раза при использовании набора, основанного на применении колонки с силикой (диоксидом кремния), и в 2.74 раза при использовании магнитных частиц. Концентрация ампликона, полученного при ампли-фикации грибковой ДНК, возрастала в 4.72 раза при использовании набора, основанного на примене-нии колонок с силикой, и в 3.70 раза при использовании магнитных частиц. Различная эффективность методов концентрирования по отношению к продуктам ПЦР, полученным в ходе амплификации бак-териальной и грибковой ДНК, может быть обусловлена различной длиной фрагмента - чем короче фрагмент, тем выше эффективность концентрирования. Магнитные частицы позволяли получать бо-лее гомогенный препарат ампликона, чем в случае применения колонки с силикой, что может быть важным для последующего приготовления библиотек секвенирования и непосредственно проведения секвенирования ампликона. Представленные способы концентрирования ампликонов после реакций ПЦР на основе сорбирующих свойств силики и магнитных частиц повысят чувствительность методов секвенирования и позволят проводить анализ даже в тех случаях, когда изначальное количество ДНК не позволяет наработать нужное для проведения секвенирования количество ампликона