Поиск белков, сорбирующихся на некодирующие РНК гена uxuR в Escherichia coli K-12 - Артемий Ильич Дахновец; Татьяна Александровна Бессонова; Ольга Николаевна Озолинь; Мария Николаевна Тутукина (Сорбционные и хроматографические процессы, 2025)
При изучении бактериальных геномов и транскриптомов обнаружено несколько сотен малых некодирующих РНК и тысячи внутригенных транскриптов, в том числе, антисмысловых. У Escherichia coli их отношение к общему количеству аннотированных генов может достигать 25%, но функциональное значение установлено менее, чем для двух десятков малых РНК. Кроме того, недавно было обнаружено, что бактерии способны секретировать РНК во внешнюю среду – такие РНК получили название экзоРНК. Подавляющая часть экзоРНК E. coli синтезируется из кодирующих областей генов метаболических регуляторов. Так, в конце гена фактора транскрипции UxuR, контролирующего метаболизм гексуронатов, закодировано, по меньшей мере, три регуляторных РНК трех типов – внутриклеточная антисмысловая, антисмысловая экзоРНК и сонаправленная РНК UxuT. В данной работе с помощью жидкостной хромато-масс-спектрометрии (LC/MS) были идентифицированы белки-партнеры этих РНК. Химически синтезированные аналоги РНК были коньюгированы с биотином и иммобилизованы на покрытые стрептавидином магнитные частицы. На них были специфически сорбированы белки лизата клеток E. coli, выращенных до экспоненциальной фазы в присутствии D-глюкозы или D-галактуроната. LC/MS спектрометрия выявила зависимость спектра сорбированных белков от источника углерода, но в комплексах со всеми малыми РНК были обнаружены белки метаболизма гексуронатов и шаперон SecB. Это может говорить об участии некодирующих РНК гена uxuR в регуляции углеводного обмена и определенной роли SecB в их транспорте.