Расчёт ИК-спектров аминокислот с неполярными радикалами методом классической МД. Отнесение полосы в области 2300 см-1
Ключевые слова:
цвиттер-ионы аминокислот, межмолекулярные Н-связиАннотация
ИК спектры водных растворов глицина, фенилаланина и пролина рассчитаны методом классической МД. При этом применялись силовые поля Amber и OPLS-AA, а вода описывалась моделями SPC/E и TIP3P. Найдено, что приближение Amber-TIP3P хорошо воспроизводит парные функции распределения расстояний азот – кислород молекул воды. ИК спектры получали посредством Фурье-преобразования автокорреляционной функции дипольного момента аминокислот. Расчетные значения частот ИК-активных полос, обусловленных валентными колебаниями N−H и C−H групп, согласуются с литературными данными. Полоса около 2300 cm-1 существует в расчетных ИК спектрах глицина и фенилаланина. Она обусловлена валентными колебаниями группы NH3+, образующей +N−H…Ow связи с молекулами воды. Эта полоса отсутствует в расчетном ИК спектре пролина.
