Полинуклеотид фосфорилаза Pnp и экзонуклеаза Rnr Escherichia coli, выделенные специфической сорбцией на нуклеиновые кислоты, процессируют РНК-продукты «промоторных островков»

  • Maria N. Tutukina Тутукина Мария Николаевна – к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории функциональной гено- мики и клеточного стресса Института биофизики клет- ки РАН, Московская область г.ущино
  • Yury A. Purtov Пуртов Юрий Александрович – к. . ., старший научный сотрудник лаборатории функциональной гено- мики и клеточного стресса Института биофизики клетки РАН, Московская область Пущино
  • Uliana S.- Shvyreva Швырева Ульяна Сергеевна – к.б.н., научный сотрудник лаборатории функциональной геномики и клеточного стресса Института биофизики клетки РАН, Московская область, Пущино
  • Alexander A. Bykov Быков Александр Андреевич – старший лаборант лаборатории функциональной геномики и клеточного стресса Института биофизики клетки РАН, Московская область, Пущино, тел.: (4967) 739-140
  • Konstantin S. Shavkunov Шавкунов Констанин Сергеевич – к. б. н., старший научный сотрудник лаборатории функциональной ге- номики и клеточного стресса Института биофизики клетки РАН, Московская область Пущино, тел: (4967) 739-140
  • Olga A. Glazunova Глазунова Ольга Андреевна – аспирант лаборатории функциональной геномики и клеточного стресса Института биофизики клетки РАН, Московская область, Пущино, тел.: (4967) 739-140
  • Olga N. Ozoline Озолинь Ольга Николаевна – д.б.н., профессор, заведующая лабораторией функциональной геномики и клеточного стресса Института биофизики клетки РАН, Московская область, Пущино
Ключевые слова: E. coli, «промоторные островки», олигонуклеотиды, короткие РНК бакте- рий, сорбция на магнитные шарики, LC/MS спектроскопия.

Аннотация

Иммобилизованные на магнитных шариках короткие РНК E. coli были использованы для
специфической сорбции белков клеточного лизата. Методом LC/MS спектрометрии был выявлен на-
бор связывающихся белков, включающий экзонуклеазу Pnp. Исследована способность Pnp и РНКазы
специфического процессинга Rnr влиять на количество коротких и длинных РНК, синтезируемых с
обогащённых промоторами участков генома. Делеция гена rnr увеличивала количество всех исследо-
ванных РНК в бактериальных клетках, а делеция pnp влияла на продукты 3 из 4 геномных областей.
Посттранскрипционный процессинг, следовательно, важен для генезиса исследованных РНК, что де-
лает возможным их участие в каких-то клеточных процессах.

Скачивания

Данные скачивания пока не доступны.

Литература

1. Shavkunov K.S., Masulis I.S., Tutukina
M.N., Deev A.A. et al., Nucleic Acids Res.,
2009, Vol. 37, No 15, pp. 4919-4931. DOI:
10.1093/nar/gkp490.
2. Panyukov V.V., Ozoline O.N., PLoS
One, 2013, Vol. 8, No 5, e62601. DOI:
10.1371/journal.pone.0062601.
3. Shavkunov K.S., Tutukina M.N., Masulis
I.S., Ozoline O.N., J. Biomol. Struct. Dynam.,
2011, Vol. 28, No 6, pp. 1128-1129. Available
at: www.jbsdonline.com/promoter-islandsnovel-
elements-bacterial-genomes-p18060.html
4. Panyukov V.V., Kiselev S.S., Shavkunov
K.S., Masulis I.S., Ozoline O.N., Math. Biol.
Bioinform., 2013, Vol. 8, No 2, pp. t12-t26.
DOI: 10.17537/2013.8.t12.
5. Purtov Yu.A., Glazunova O.A., Antipov
S.S., Pokusaeva V.O. et al., J. Bioinform. Comput.
Biol., 2014, Vol. 12, No 2, pp. 1441006-
1441017. DOI: 10.1142/S0219720014410066.
6. Oshima T., Ishikawa S., Kurokawa K.,
Aiba H. et al., DNA Res., 2006, Vol. 13, No 4,
pp. 141-153. DOI: DOI:
10.1093/dnares/ds1009.
7. Lucchini S., Rowley G., Goldberg M. D.,
Hurd D. et al., PLoS Pathog., 2006, Vol. 2, No
8, e81. DOI: org/10.1371/journal.ppat.0020081.
8. Shvyreva U.S., Tutukina M.N., Ozoline
O.N., Sorbtsionnye i khromatograficheskie
protsessy, 2015, Vol. 15, No 3, pp. 435-442.
www.sorpchrom.vsu.ru/articles/20150313.pdf.
9. Geszvain K., Landick R., The Structure
of Bacterial RNA Polymerase. In Higgins N
(ed), The Bacterial Chromosome. ASM Press,
Washington, DC, 2005, p 283-296. doi:
10.1128/9781555817640.ch15
10. Coburn G.A., Miao X., Briant D.J.,
Mackie G.A., Genes Dev., 1999, Vol. 13, pp.
2594-2603. DOI: 10.1101/gad.13.19.2594.
11. Gama-Castro S., Salgado H., Santos-
Zavaleta A. et al., Nucl. Acids Res., 2016, Vol.
44, No D1. pp. D133-D143. DOI:
10.1093/nar/gkv1156.
12. Kitahara K., Suzuki T., Mol. Cell., 2009,
Vol. 34, pp. 760-766. DOI:
10.1016/j.molcel.2009.05.014.
13. Vakulskas C.A., Pannuri A., Cortes-Selva
D., Zere T.R.et al., Mol. Microbiol., 2014, Vol.
92, No 5, pp. 945-958. DOI:
10.1111/mmi.12606.
14. Plamann M.D., Stauffer G.V., Gene,
1990, Vol. 220, No 2, pp. 301-306.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1691434.
Accessed 30.06.2016.
15. Vincent H.A., Deutcher M.P., J. Biol.
Chem., 2006, Vol. 281, No 40, pp. 29769-
29775. DOI: 10.1074/jbc.M606744200
16. Dornenburg J.E., Devita A.M., Palumbo
M.J., Wade J.T., Mbio, 2010, e00024-10. DOI:
10.1128/mBio.00024-10.
17. Glazunova O.A., Kiselev S.S.,
Shavkunov K.S., Bykov A.A., et al., Math. Biol.
Bioinform., 2015, Vol. 10, pp. t29-t38. DOI:
10/17537/2015.10.t29.
18. Reuter J.S., Mathews D.H., BMC
Bioinform., 2010, Vol. 11, pp. 129. DOI:
10.1186/1471-2105-11-129.
19. Gowrishankar J., Harinarayanan R., Mol.
Microbiol., 2004, Vol. 54, No 3, pp. 598-603.
DOI: 10.1111/j.1365-2958.2004.04289.
20. Singh S.S., Singh N., Bonocora R.P.,
Fitzgerald D.M. et al., Grainger D.C., Genes
Dev., 2014, Vol. 28, No 3, pp. 214-219. DOI:
10.1101/gad.234336.113.
21. Dame R.T., Wyman C., Wurm R., Wagner
R. et al., J. Biol. Chem., 2002, Vol. 277, No
3, pp. 2146-2150. DOI:
10.1074/jbc.C100603200.
Опубликован
2019-11-18
Как цитировать
Tutukina, M. N., Purtov, Y. A., Shvyreva, U. S.-, Bykov, A. A., Shavkunov, K. S., Glazunova, O. A., & Ozoline, O. N. (2019). Полинуклеотид фосфорилаза Pnp и экзонуклеаза Rnr Escherichia coli, выделенные специфической сорбцией на нуклеиновые кислоты, процессируют РНК-продукты «промоторных островков». Сорбционные и хроматографические процессы, 16(6). извлечено от https://journals.vsu.ru/sorpchrom/article/view/1427
Выпуск
Том 16 № 6 (2016): Сорбционные и хроматографические процессы
Раздел
Статьи