«Промоторные островки» генома E. coli как мишени для сорбции ферментов процессинга РНК
Ключевые слова:
E. coli, промоторные островки, pull-down assays.
Аннотация
Фрагменты ДНК, взятые из обогащенных промоторами участков генома E. coli («промоторных островков»), были иммобилизованы на покрытых стрептавидином магнитных шариках и использованы для сорбции белков клеточного лизата (pull-down assays). В результате масс- спектрометрического анализа фракции белков, способных взаимодействовать с такими фрагментами ДНК, было идентифицировано, по крайней мере, два белка процессинга РНК (экзорибонуклеаза Rnr и РНК-хеликаза SrmB), а также РНК-хеликаза деградосомы (RhlB). Это свидетельствует о том, что «Промоторные островки» могут служить источником функционально значимых РНК, подвергающихся контролируемому пост-транскрипционному процессингу.
Скачивания
Данные скачивания пока не доступны.
Литература
1.Shavkunov K.S., Masulis I.S., Tutukina M.N. et al., Nucleic Acids Res., 2009, Vol. 37, pp. 4919-4931, DOI: 10.1093/nar/gkp490.
2.Panyukov V.V., Ozoline O.N., PLoS One, 2013, Vol. 8(5), pp.e62601, DOI: 10.1371/journal.pone.0062601.
3.Shavkunov K.S., Tutukina M.N., Masulis I.S. et al., J. Biomol. Struct. Dynam., 2011, Vol. 28, pp. 1128-1129.
4. Panyukov V.V., Kiselev S.S., Shavkunov K.S. et. al., Math Biol Bioinform, 2013, Vol. 8(2), pp.t12-t26.
5.Purtov Y.A., Glazunova O.A., Antipov S.S. et al., J. Bioinform. and Comput. Biol., 2014, Vol. 12 (2), pp. 1441006-1-1441006-17, DOI: 10.1142/S0219720014410066.
6.Oshima T., Ishikawa S., Kurokawa K. et al., DNA Res., 2006, Vol. 13(4), pp. 141-153.
7.Lucchini S., Rowley G., Goldberg M. D. et al., PLoS Pathog., 2006, Vol. 2(8), e81.
8.Seila A.C., Calabrese J.M., Levine S.S. et. al., Science, 2008, Vol. 322(5909), pp.1849-1851, DOI: 10.1126/science.1162253.
9.Preker P., Nielsen J., Kammler S. et al., Science, 2008, Vol. 322(5909), pp.1851-1854, DOI: 10.1126/science.1164096.
10. Core L.J., Waterfall J.J., Lis J.T., Science, 2008,Vol. 322(5909), pp.1845-1848, DOI: 10.1126/science.1162228.
11. Manniatis Т., Frich E., Sambrook G. Metody geneticheskoy ingenerii. 594 Molekulyarnoe klonirovanie. Moscow, Mir, 1984, 479 p.
12. Schägger H., Von Jagow G., Anal. Biochem., 1987, Vol.166, pp. 368-379
13. Tutukina M.N., Shvyreva U.S., Ozoline O.N., Sorbtsionnye i khromatograficheskie protsessy, 2015, Vol. 15 , No 3, pp. 435-442.
14. Calhoun L.N., Kwon Y.M., J. Appl. Microbiol., 2011, Vol.110(2), pp.375-386, DOI: 10.1111/j.1365-2672.2010.04890.x.
15. Michel F.M., Barron V., Torrent J. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U S A., 2010, Vol. 107(7), pp.2787-2792, DOI: 10.1073/pnas.0910170107.
16. Ali Azam T., Iwata A., Nishimura A. et. al., J. Bacteriol., 1999, Vol. 181(20), pp. 6361-6370.
17. Ghatak P., Karmakar K., Kasetty S., Chatterji D., PLoS One., 2011, Vol. 6(1), pp. e16019, DOI: 10.1371/journal.pone.0016019.
18. Charollais J., Pflieger D., Vinh J. et al., Mol. Microbiol., 2003, Vol. 48(5), pp.1253-1265.
19. Iost I., Dreyfus M., Nature, 1994, Vol. 372(6502), pp.193-196.
20. Vincent H.A., Deutscher M.P., J. Mol. Biol., 2009, Vol. 387(3), pp. 570-583, DOI: 10.1016/j.jmb.2009.01.068.
21. Vincent H.A., Deutscher M.P., J. Biol. Chem., 2009, Vol. 284(1), pp. 486-494, DOI: 10.1074/jbc.M806468200..
22. Smagowicz W.J., Scheit K.H., Nucleic Acids Res., 1978, Vol. 6., pp.1919-1932.
23. Grachev M.A., Zaychikov E.F., Ivanova E.M. et. al., Nucleic Acids Res., 1984, Vol. 12(22), pp.8509-8524.
24. Goldman S.R., Sharp J.S., Vvedenskaya I.O. et al., Mol. Cell, 2011, Vol.42(6), pp.817-825, DOI: 10.1016/j.molcel.2011.
25. Ha M, Kim VN., Nat Rev Mol Cell Biol., 2014, Vol. 15(8), pp.509-524. DOI: 10.1038/nrm3838
2.Panyukov V.V., Ozoline O.N., PLoS One, 2013, Vol. 8(5), pp.e62601, DOI: 10.1371/journal.pone.0062601.
3.Shavkunov K.S., Tutukina M.N., Masulis I.S. et al., J. Biomol. Struct. Dynam., 2011, Vol. 28, pp. 1128-1129.
4. Panyukov V.V., Kiselev S.S., Shavkunov K.S. et. al., Math Biol Bioinform, 2013, Vol. 8(2), pp.t12-t26.
5.Purtov Y.A., Glazunova O.A., Antipov S.S. et al., J. Bioinform. and Comput. Biol., 2014, Vol. 12 (2), pp. 1441006-1-1441006-17, DOI: 10.1142/S0219720014410066.
6.Oshima T., Ishikawa S., Kurokawa K. et al., DNA Res., 2006, Vol. 13(4), pp. 141-153.
7.Lucchini S., Rowley G., Goldberg M. D. et al., PLoS Pathog., 2006, Vol. 2(8), e81.
8.Seila A.C., Calabrese J.M., Levine S.S. et. al., Science, 2008, Vol. 322(5909), pp.1849-1851, DOI: 10.1126/science.1162253.
9.Preker P., Nielsen J., Kammler S. et al., Science, 2008, Vol. 322(5909), pp.1851-1854, DOI: 10.1126/science.1164096.
10. Core L.J., Waterfall J.J., Lis J.T., Science, 2008,Vol. 322(5909), pp.1845-1848, DOI: 10.1126/science.1162228.
11. Manniatis Т., Frich E., Sambrook G. Metody geneticheskoy ingenerii. 594 Molekulyarnoe klonirovanie. Moscow, Mir, 1984, 479 p.
12. Schägger H., Von Jagow G., Anal. Biochem., 1987, Vol.166, pp. 368-379
13. Tutukina M.N., Shvyreva U.S., Ozoline O.N., Sorbtsionnye i khromatograficheskie protsessy, 2015, Vol. 15 , No 3, pp. 435-442.
14. Calhoun L.N., Kwon Y.M., J. Appl. Microbiol., 2011, Vol.110(2), pp.375-386, DOI: 10.1111/j.1365-2672.2010.04890.x.
15. Michel F.M., Barron V., Torrent J. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U S A., 2010, Vol. 107(7), pp.2787-2792, DOI: 10.1073/pnas.0910170107.
16. Ali Azam T., Iwata A., Nishimura A. et. al., J. Bacteriol., 1999, Vol. 181(20), pp. 6361-6370.
17. Ghatak P., Karmakar K., Kasetty S., Chatterji D., PLoS One., 2011, Vol. 6(1), pp. e16019, DOI: 10.1371/journal.pone.0016019.
18. Charollais J., Pflieger D., Vinh J. et al., Mol. Microbiol., 2003, Vol. 48(5), pp.1253-1265.
19. Iost I., Dreyfus M., Nature, 1994, Vol. 372(6502), pp.193-196.
20. Vincent H.A., Deutscher M.P., J. Mol. Biol., 2009, Vol. 387(3), pp. 570-583, DOI: 10.1016/j.jmb.2009.01.068.
21. Vincent H.A., Deutscher M.P., J. Biol. Chem., 2009, Vol. 284(1), pp. 486-494, DOI: 10.1074/jbc.M806468200..
22. Smagowicz W.J., Scheit K.H., Nucleic Acids Res., 1978, Vol. 6., pp.1919-1932.
23. Grachev M.A., Zaychikov E.F., Ivanova E.M. et. al., Nucleic Acids Res., 1984, Vol. 12(22), pp.8509-8524.
24. Goldman S.R., Sharp J.S., Vvedenskaya I.O. et al., Mol. Cell, 2011, Vol.42(6), pp.817-825, DOI: 10.1016/j.molcel.2011.
25. Ha M, Kim VN., Nat Rev Mol Cell Biol., 2014, Vol. 15(8), pp.509-524. DOI: 10.1038/nrm3838
Опубликован
2018-02-19
Как цитировать
Тутукина, М. Н., Швырева, У. С., & Озолинь, О. Н. (2018). «Промоторные островки» генома E. coli как мишени для сорбции ферментов процессинга РНК. Сорбционные и хроматографические процессы, 15(4), 586-594. https://doi.org/10.17308/sorpchrom.2015.15/310
Раздел
Статьи
