Разработка методов эффективной суперпродукции и очистки фактора транскрипции ExuR из Escherichia coli c использованием аффинной хроматографии
Ключевые слова:
аффинная хроматография, клонирование, факторы транскрипции, ExuR, E. coli.
Аннотация
Разработан метод выделения и очистки рекомбинантного белка ExuR Escherichia coli. Метод
включает клонирование гена exuR в вектор pGEMEX1, последующую суперпродукцию белка в
штамме BL21*(DE3) E. coli, получение белка в растворимой фракции и несколько последовательных
циклов аффинной хроматографии на колонке с Ni-NTA агарозой, заряженной сульфатом никеля.
Данный метод позволяет получить электрофоретически гомогенный и функционально активный
белок ExuR для дальнейших исследований.
Скачивания
Данные скачивания пока не доступны.
Литература
1.Salgado H., Peralta-Gil M., Gama-Castro S., Santos-Zavaleta A., Muñiz-Rascado L.,
García-Sotelo J.S. et al RegulonDB (version 8.0): Omics data sets, evolutionary conservation,
regulatory phrases, cross-validated gold standards and more.// Nucleic Acids Research. 2013
Vol. 41 №D1: P. D203-D213.
2.Wingender E. TRANSFAC project as an example of framework technology that supports
the analysis of genomic regulation. // Brief Bioinform. 2008. Vol. 9. P.326-332.
3.Rigali S., Derouaux A., Giannotta F., Dusart J. Subdivision of the Helix-Turn-Helix GntR
Family of Bacterial Regulators in the FadR, HutC, MocR, and YtrA Subfamilies. // The journal
of Biol. Chem. 2002. Vol. 277. № 15. P. 12507-12515.
4.База данных http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
5.Van Alten D.M.F., DiRusso C.C., Knudsen J., Wierenga R.K. Crystal structure of FadR, a
fatti acid-responsive transcription factor with a novel acyl coenzyme A-binding fold // The
EMBO Journal. 2000. Vol. 19. № 19. P. 5167-5177.
6.Kelley L.A., Sternberg M.J.E. Protein structure prediction on the web: a case study using
the Phyre server // Nature Protocols. 2009. Vol. 4. P. 363-371.
7.Mata-Gilsinger M., Ritzenthaler P., Blanco C. Characterization of the operator sites of the
exu regulon in Escherichia coli K-12 by operator-constitutive mutations and repressor titration
// Genetics. 1983. Vol.105 № 4. P. 829-42.
8.Suvorova I.A., Tutukina M.N., Ravcheev D.A., Rodionov D.A. et al. Comparative
genomics analysis of the hexuronate metabolism genes and their regulation in
gammaproteobacteria // J. of Bacteriology. 2011. Vol.193 № 15. P. 3956-3963.
9.Grainger D.C., Hurd D., Harrison M., Holdstock J., Busby S.J. Studies of the distribution
of Escherichia coli cAMP-receptor protein and RNA polymerase along the E. coli
chromosome // Proc Natl Acad Sci U S A. 2005. Vol.6. 102 № 49. P.17693-17698.
10. Igarashi K., Ishihama A. Bipartite functional map of the E.coli RNA polymerase alpha
subunit: involvement of the C-terminal region in transcription activation by cAMP-CRP //
Cell. 1991. Vol.65. P. 1015-1022.
11. Peekhaus N., Conway T. Positive and negative transcriptional regulation of the
Escherichia coli gluconate regulon gene gntT by GntR and cyclic AMP (cAMP)-cAMP
receptor protein complex // J. of Bacteriology. 1998. Vol.180. № 7. P. 1777-1785.
12. Shulami S., Gat O., Sonenshein A.L., Shoham Y. The glucuronic acid utilization
cluster from Bacillus stearothermophilus T-6// J.of Bacteriology. 1999. Vol. 181. № 12.
P 3695-3704.
13. Davis B.J. Disc electroforesis II. Method and application to human serum protein //
Ann. N.Y. Acad. Sci. 1994. Vol. 121. P. 404-427.
14. Tutukina M.N., Shavkunov K.S., Masulis I.S., Ozoline O.N. Antisense transcription
within the hns locus of Escherichia coli // Molecular biology. 2010. Vol. 44. № 3. P. 439-447.
15. Rodionov D.A., Mironov A.A., Rakhmaninova A.B., Gelfand M.S. Transcriptional
regulation of transport and utilization systems of hexuronides, hexuronates and hexonates in
gamma purple bacteria // Mol.Microbiol. 2000. Vol. 38. P. 673-683.
16. Рудаков О.Б., Востров И.А., Федоров С.В. и др. Спутник хроматографиста.
Методы жидкостной хроматографии. Воронеж: Водолей, 2004. 526 с
17. Peekhaus N., Conway T. What’s for dinner?: Entner-Doudoroff metabolism in
Escherichia coli. // J. Bacteriol. 1998. Vol. 180. P. 3495-3502.
García-Sotelo J.S. et al RegulonDB (version 8.0): Omics data sets, evolutionary conservation,
regulatory phrases, cross-validated gold standards and more.// Nucleic Acids Research. 2013
Vol. 41 №D1: P. D203-D213.
2.Wingender E. TRANSFAC project as an example of framework technology that supports
the analysis of genomic regulation. // Brief Bioinform. 2008. Vol. 9. P.326-332.
3.Rigali S., Derouaux A., Giannotta F., Dusart J. Subdivision of the Helix-Turn-Helix GntR
Family of Bacterial Regulators in the FadR, HutC, MocR, and YtrA Subfamilies. // The journal
of Biol. Chem. 2002. Vol. 277. № 15. P. 12507-12515.
4.База данных http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
5.Van Alten D.M.F., DiRusso C.C., Knudsen J., Wierenga R.K. Crystal structure of FadR, a
fatti acid-responsive transcription factor with a novel acyl coenzyme A-binding fold // The
EMBO Journal. 2000. Vol. 19. № 19. P. 5167-5177.
6.Kelley L.A., Sternberg M.J.E. Protein structure prediction on the web: a case study using
the Phyre server // Nature Protocols. 2009. Vol. 4. P. 363-371.
7.Mata-Gilsinger M., Ritzenthaler P., Blanco C. Characterization of the operator sites of the
exu regulon in Escherichia coli K-12 by operator-constitutive mutations and repressor titration
// Genetics. 1983. Vol.105 № 4. P. 829-42.
8.Suvorova I.A., Tutukina M.N., Ravcheev D.A., Rodionov D.A. et al. Comparative
genomics analysis of the hexuronate metabolism genes and their regulation in
gammaproteobacteria // J. of Bacteriology. 2011. Vol.193 № 15. P. 3956-3963.
9.Grainger D.C., Hurd D., Harrison M., Holdstock J., Busby S.J. Studies of the distribution
of Escherichia coli cAMP-receptor protein and RNA polymerase along the E. coli
chromosome // Proc Natl Acad Sci U S A. 2005. Vol.6. 102 № 49. P.17693-17698.
10. Igarashi K., Ishihama A. Bipartite functional map of the E.coli RNA polymerase alpha
subunit: involvement of the C-terminal region in transcription activation by cAMP-CRP //
Cell. 1991. Vol.65. P. 1015-1022.
11. Peekhaus N., Conway T. Positive and negative transcriptional regulation of the
Escherichia coli gluconate regulon gene gntT by GntR and cyclic AMP (cAMP)-cAMP
receptor protein complex // J. of Bacteriology. 1998. Vol.180. № 7. P. 1777-1785.
12. Shulami S., Gat O., Sonenshein A.L., Shoham Y. The glucuronic acid utilization
cluster from Bacillus stearothermophilus T-6// J.of Bacteriology. 1999. Vol. 181. № 12.
P 3695-3704.
13. Davis B.J. Disc electroforesis II. Method and application to human serum protein //
Ann. N.Y. Acad. Sci. 1994. Vol. 121. P. 404-427.
14. Tutukina M.N., Shavkunov K.S., Masulis I.S., Ozoline O.N. Antisense transcription
within the hns locus of Escherichia coli // Molecular biology. 2010. Vol. 44. № 3. P. 439-447.
15. Rodionov D.A., Mironov A.A., Rakhmaninova A.B., Gelfand M.S. Transcriptional
regulation of transport and utilization systems of hexuronides, hexuronates and hexonates in
gamma purple bacteria // Mol.Microbiol. 2000. Vol. 38. P. 673-683.
16. Рудаков О.Б., Востров И.А., Федоров С.В. и др. Спутник хроматографиста.
Методы жидкостной хроматографии. Воронеж: Водолей, 2004. 526 с
17. Peekhaus N., Conway T. What’s for dinner?: Entner-Doudoroff metabolism in
Escherichia coli. // J. Bacteriol. 1998. Vol. 180. P. 3495-3502.
Опубликован
2019-11-19
Как цитировать
Potapova, A. V., Ozoline, O. N., & Tutukina, M. N. (2019). Разработка методов эффективной суперпродукции и очистки фактора транскрипции ExuR из Escherichia coli c использованием аффинной хроматографии. Сорбционные и хроматографические процессы, 14(3). извлечено от https://journals.vsu.ru/sorpchrom/article/view/1500
Раздел
Статьи
